事解决的同时，康熙发动政治攻势，尽力招抚叛兵叛将。他宣布收回成命不再撤藩，任何人投降都可以官复原职，只有吴三桂除外。
康熙剿抚并用使兴明讨虏军开始出现分化。
耿精忠进攻受挫不愿再打，回兵防御郑经。郑经应吴三桂之邀登陆福建，配合吴三桂打广东。但是打完广东，郑经没有北上打清军而是趁耿精忠北上抢占耿精忠的地盘。两人因此反目成仇。面临清军和郑经的夹击，耿精忠最终选择投降清军，配合清军打郑经。郑经战败逃回台湾。
尚之信投降吴三桂后被吴三桂索要重金助饷，因而反悔，派人去向清军请降。
转眼之间，三藩去了两藩，吴三桂孤立无援。清军随即集中精力对付吴三桂，大举反攻湖南，包围了长沙、岳州。
湖南要是丢了，吴三桂在江西、广东、广西打下地盘都保不住。吴三桂亲自坐镇衡州指挥抗战。两军围绕长沙展开长达两年的攻防战。
1678年，吴三桂为了鼓舞士气，在衡州宣布称帝，分封诸将为公侯伯爵。
吴三桂称帝让他的路走到尽头。他没有恢复大明的国号而是自称大周皇帝。“兴明讨虏”的旗号顿失号召力。最要命的是他过把瘾就死，称帝的当年就中风而死。大周军队士气大挫。
吴三桂死时把皇位传给皇太孙吴世璠。他的长子吴应熊因为做了康熙的驸马一直住在京城。吴三桂起兵反清，吴应熊被康熙抓起来杀了。吴三桂的次子被他过继给哥哥。吴三桂死时只能把皇位传给孙子。
吴世璠当时还没成年，哪能掌控得了局面。大周内部互相倾轧，离心离德。
康熙乘机发动总攻，先后收复湖南、广西、贵州。大周军队全线溃败。吴世璠逃回昆明，负隅顽抗。清军随即从四面八方向昆明包围过来。
1681年，清军与大周军在昆明城下展开决战。吴世璠排出象阵迎战清军。清军以骑兵冲击象阵。大周军五进五退，最终还是溃败下来。
清军扎营盘树壁垒挖壕沟，把昆明团团围住。
半年后，昆明粮尽援绝被清军一举攻陷。吴世璠兵败自杀。
历时八年的反清复明运动终于烟消云散。
“三藩之乱”平息后，康熙以谋反罪杀了尚之信、耿精忠，取消了藩镇。其他参加“三藩之乱”而后又投降清军的叛将也都没落了好下场。
康熙拿下三藩后，一面休整部队，一面琢磨攻取台湾。台湾是他实现大一统国家、大一统皇权最后一个障碍。
郑经败退回台湾后得病而死。他临死时把王位传给长子郑克臧。但是次子郑克塽的岳父冯锡范想让女婿继承王位，于是发动政变，杀死郑克臧，把郑克塽推上王座。政变使台湾政局混乱，人人思危，离心离德，军心涣散。
“三藩之乱”就因为内讧不断而失败。台湾仍不知道吸取教训。明朝包括南明之所以灭亡，内耗严重是一个重要原因。明朝不是败给清朝，而是败给了自己。
康熙得知郑经死了，台湾政局不稳，认为时机已到，下令进攻台湾。
1683年，清军将领施琅率领两万水军突袭台湾的西大门澎湖列岛。
施琅本是郑成功手下一员虎将，因为和郑成功闹翻，投降了清兵。他擅长水战并且对郑家军知根知底。
施琅杀至澎湖，把兵力分为东西两路，西路佯攻吸引郑家军的注意力，东路迂回到澎湖后面发起强攻。郑家军腹背受敌，很快溃败。守军向清军投降。
澎湖战败震惊了台湾本岛。郑克塽急召群臣讨论战守之策。大家对战和守都没有信心，倾向于逃和降。
台湾在康熙下达禁海令后，各种补给成了问题。台湾在那时就是外向型经济，岛内资源匮乏、人口稀少，对大陆依赖
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