1393年——1398年太祖重视吏治与皇位稳定，掀“明初四大案”。太祖崩，以太孙朱允炆即皇帝位。
明太祖在位期间掀起四大案，集中处理了一大批问题官员。
一起渎职案杀了万把人，一起贪污案杀了几万人，两起谋杀案杀了数万人，沾边的全去。两任丞相李善长、胡惟庸都被他杀了。严打过后，朝堂几乎为之一空。明太祖也因此落下一个残暴嗜杀的坏名声。
渎职案又叫空印案。官员为了工作方便使用事先加盖了单位公章的空白公文。那时候交通不便，这样做出去办事方便，少跑腿。大家都这么办，以为法不责众。结果一万颗脑袋落地。
这事搁现在也不允许，一旦抓住轻则批评教育，重则纪律处分，造成损失的甚至要追究法律责任。但怎么也不至于杀头吧？
贪污案又叫郭桓案。是指户部和地方串通舞弊盗卖官粮。前面说过明太祖对贪官的处理办法，不过因为订单太大，“稻草人”制作公司应付不来，变通了一下，全部砍头了事。参与其中的地主老财也跟着掉了脑袋。
这两案罪不至死都死了。谋反案肯定更是杀无赦。但这两起谋反案一直以来备受质疑。人们怀疑明太祖这是找借口杀功臣。鸟尽弓藏，兔死狗烹。
贪官与民争利，功臣与他争权，这两种人都威胁到他的统治，所以都得死。
这两起谋反案，一起是胡惟庸谋反案，一起是蓝玉谋反案。
胡惟庸因为擅长政务被明太祖提拔为宰相。但做上宰相之后，胡惟庸变得有些专权独断，生杀予夺，免官升职，不请示明太祖就自作主张。刘伯温给明太祖说起过这事。胡惟庸知道后怀恨在心，借探病的机会下毒害死刘伯温。
有人说他们家祖坟发光，有大富大贵之兆。胡惟庸从此有了非分之想。他拉帮结派准备谋反。他计划与倭寇（海盗）、北元里应外合夺取皇位，然后向北元称臣。
这时有人告发胡惟庸毒死刘伯温。明太祖立即把胡惟庸抓起来审问。一审审出个反党集团。连前任宰相李善长都被牵扯进来，被人揭发跟胡惟庸交往过密，知情不举。拔起萝卜带起泥，和胡惟庸、李善长来往过密的官员都被当作同党株连进去。而与这些官员有来往的官员又被当做反党的第二梯队抓了进去。之后是第三梯队、第四梯队……
谋反是株连九族的大罪。几万人因此人头落地。
史书说胡惟庸谋反“事皆未发”，也就是计划的事情都没来得及做，谋而未反。谋反的事是在审讯当中审出来的。究竟是确有其事还是屈打成招不清楚。
后人分析，所谓谋反案其实是明太祖和胡惟庸争权——君权与相权之争。明太祖发现胡惟庸在朝廷安插自己的人，感觉有被架空的危险，激起小狗护食盆的冲动，决定干掉胡惟庸。他逮了胡惟庸一个小错开始深究，上纲上线。有人发觉胡惟庸要倒霉了，落井下石，告胡惟庸谋反。明太祖顺势清洗胡惟庸一派。
蓝玉是明朝开国元勋，南征北战，功勋卓著。在第一梯队老将军退下去之后，作为第二梯队的领军人物，蓝玉被封为大将军。如果说胡惟庸是政府一把手的话，蓝玉就是军内一把手。
蓝玉仗着自己功高位显，“骄蹇自恣”，“进止自专”，不仅举止傲慢，在明太祖面前都不知收敛，并且独断专权，任免将领都不通报明太祖。明太祖很不高兴，说过他几次，他也不改。
明太祖封他为太子太傅。但他嫌官封得小，背地里发牢骚：以我的战功，不配封个太师吗。这话传到朱元璋的耳朵里。朱元璋认为有野心有怨言就是谋反的前兆，于是以谋反罪将蓝玉下狱。
史书说锦衣卫指挥（实际上就是特务头子）告发蓝玉谋反。蓝玉于是被捕下狱。在审讯中，蓝玉供认不讳，交代出一个反党
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