示归顺，交出元朝的印信，接受明朝的册封。朱元璋封他为国师，享受四品官待遇。后来明朝发现噶举派掌握着西藏大部分地区的政权，于是封噶举派教主为法王，代管西藏。
当时还有一个新创立的教派，格鲁派。创始人叫宗喀巴。他的两大传承弟子后来被称做达赖和班禅。清朝以后，格鲁派成为西藏的主流教派。
西藏外围的吐蕃诸部不肯臣服明朝。生活在甘肃、青海一带的川藏部劫杀明朝派往西藏的使者，隔绝明朝跟西藏的联系。
朱元璋被邓愈、沐英两位将军率军讨伐川藏部。明军没费什么力气就打到青藏新疆交界的昆仑山，征服了整个青海。
明军留兵守住要害之地，班师回朝。
现在明朝只剩下云贵、东北地区还没有收复，仍在蒙古人手里。这些地方地处偏远，很少有汉人定居。明太祖把这些地方看做可有可无。他不想用兵，派人出使云贵、东北，希望说服他们臣服明朝。
没想到明太祖多次派人前往云南劝降，使者都被云南王把匝剌瓦尔密杀害。明太祖被激怒，派军讨伐云南。
1381年，傅友德、蓝玉、沐英几位将军率领30万大军南征云贵地区。
明太祖亲自制定作战计划，安排一支部队作为奇兵先期出发，进攻乌撒，吸引敌人的注意力和兵力，然后让主力部队趁虚而入直取曲靖、昆明。
傅友德于是派部将胡海洋率军五万杀往乌撒。胡海洋杀入贵州，沿途攻击不肯臣服明朝的蛮族部落，搞得鸡飞狗跳。把匝剌瓦尔密被惊动，急忙调兵遣将阻击胡海洋。
傅友德趁机率领主力杀往云南，连克普定、普安，顺利杀至曲靖。
把匝剌瓦尔密在明军杀至普定时已经判定明军的目标是曲靖，急调十万精兵布防白石江
白石江从东西向从曲靖城前流过，就像曲靖天然的护城河。
明军如果强渡白石江必定伤亡巨大。于是明军声东击西，一面佯攻，一面派出一支奇兵从下游渡江，绕到元军背后，遍插军旗，击鼓鸣金。元军以为腹背受敌，军心大乱。明军趁元军分兵回防，江防出现混乱之机，抢渡白石江。元军放弃江防收缩防守。明军渡江之后马不停蹄发起进攻。沐英率领骑兵直捣敌军中军，所向披靡。乱军当中，元军元帅被沐英生擒活捉。元军大败，四散奔逃。
傅友德攻克曲靖后亲率一支军去夹击乌撒，派蓝玉和沐英率一支军杀奔昆明。
元军已经失去抵抗能力。之后明军取昆明、取大理如砍瓜切菜一般。云南全境很快被攻克。把匝剌瓦尔密在逃亡途中自缢而死。
在云南，明军俘虏了当时只有11岁的郑和。
郑和本姓马，是回族，属色目人。郑和祖上是色目贵族，因功封王。他父亲是元朝官员，被封为滇阳侯。明军攻破昆明时，郑和的父亲兵败被杀，郑和做了俘虏。明军看郑和聪明伶俐便把他阉割了送进燕王朱棣的府中做太监。
以俘虏为奴在古代很常见。太监也是奴的一种。
郑和因为受宠，被朱棣赐姓郑。后来郑和奉朱棣之命出使，七下西洋。
傅友德率军杀回贵州。乌撒元军在明军杀到之前望风而逃。但乌撒诸蛮不肯投降明军，聚众围攻明军。傅友德指挥部队迎战，斩杀多个部落酋长。诸蛮战败，一哄而散。
明军收复了云贵，但任务还没有完成。云贵地区是少数民族地区。诸蛮人数众多，叛服无常，逮着机会便偷袭明军。如果不能彻底征服诸蛮，明军撤走后云贵地区就有可能得而复失。
明太祖指示傅友德宜将剩勇追穷寇，彻底平定云贵地区。
傅友德一面组织部队筑城防守，一面“分兵四出，攻诸蛮寨之未服者”。乌撒诸蛮卷土重来。明军“大败其众，斩
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