商品经济和工场手工业更加发展。在一些工商业发达的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，开始形成为一支新的社会力量，给当时的社会矛盾和斗争带来了新的影响。东林党就有不少人是中小地主兼营工商的。他们有的人突破了传统的农为国本的经济思想，提出了工商皆本的新观点。如赵楠星说:"士农工商，生人之本业。"李应升反对关卡重重、商税繁多，要求执政者"爱商恤民，上不妨工而下利于途(指贩运)"。可是从万历二十四年起，神宗派宦官到各地采矿和征税。神宗一开始派出矿监、税使，东林党人就表示反对。山西巡抚魏允贞在万历二十五年上疏指出:宦官出领矿、税，为民祸害。魏允贞因此受到神宗的切责。万历二十七年，大学士叶向高上疏要求罢撤矿监、税使。同年，吏部侍郎冯琦上奏说:这些矿监、税使不但使贫者断绝生计，富人也蒙受其害，这样下去，势必激起大乱。李三才反对矿监、税使的言行，在当时影响最大。他于万历二十七年就任凤阳巡抚。在凤阳巡抚管辖的地区内，有好几个矿监、税使，残害百姓。李三才于万历二十八年五月上疏万历帝，揭露万历帝派遣税使、矿监这一弊政的要害。李三才任职凤阳巡抚期间，曾经严惩太监陈增的爪牙，罪大的则加以捕杀，打击了陈增的气焰。他还奏劾陈增的重要帮凶程守训贪赃数十万银两等罪，使程及其同伙被捕解京，终于伏法，远近大快。史书上说，李三才"以折税监得民心"。两淮地区发生灾荒时，他经报请朝廷获准，对灾民加以赈济，还免除了应纳的"马价"(一种苛税的名目)，因此李三才的言行赢得了民心和朝野正直人士的赞扬，声望日隆，有可能被推举进入内阁。齐、楚、浙党一派官员生怕李三才入阁会对自己不利，
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就连连上疏攻击李三才奸诈贪横。顾宪成等东林党人则驳斥这些谰言，于是双方又发生了一场笔墨官司。由于一再受到攻讦，万历三十九年初三月，李三才不得已自动辞职。这就是当时喧闹得不可开交的李三才入阁事件。
万历四十八年，明神宗死去，朝廷宣布撤掉一切矿监、税使，过去因反对矿监、税使而被处分的官员也酌量起用。至此，反对矿、税之弊的斗争以取得一定程度的胜利而告一段落。由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，在霍维华的基础上纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，天启五年，明熹宗下诏，烧毁全国书院。次年，东林书院被拆毁。东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都遭到杀害。当时，以“萨英”、顾宪成、为主的一大批东林党人修复了宋代杨时讲学的东林书院，并与高攀龙等人在书院讲学谈政，“讲习之余，往往讽斥朝政，裁量人物”，其言论被称为清议，形成了广泛社会影响。“三吴士绅”、在朝在野的各种政治代表人物、东南城市势力、闽越、黔贵、湘赣、江浙等江南各地方实力派，一时之间都聚集在以东林书院为中心的东林党派周围。时人称之为东林党。与东林党政见不合的是内阁大臣王锡爵、沈一贯、大内总管魏忠贤与之的斗争水火不容，持续了三十多年之久。当时“萨英”本人与内阁大臣王锡爵、沈一贯、大内总管魏忠贤(自称九千岁)不和，几个人政见不一，势同水火。
明末党争始于所谓"争国本"。"国本"，指皇帝的继承人。国本之争，是围绕于朱常洛为皇帝继承人的问题而展开的。
明神宗的皇后多年不育，皇长子朱常洛(后来的光宗)是妃子王氏生的。万历十四年，朱常洛五岁时，神宗的宠妃郑氏生下皇三子朱常洵。按照封建礼制的"有嫡立嫡，无嫡立长"，应当立朱常洛为太子。但是神宗宠爱郑
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