的鼓动，乌兹别克人又卷土重来。波斯将军纳吉姆?沙尼和巴布尔在布哈拉以北的加贾湾发生的一场大战中与他们交锋，这次被他们打败了纳吉姆被杀。巴布尔放弃了对河中的所有企图，退回到他的喀布尔王国，七年以后，他从喀布尔出发，前往征服印度。于是，布哈拉、撒麻耳干和整个河中地区又转到蒙古乌兹别克人手中。 黑衣圣教巴布尔，阿克巴，沙贾汗，奥朗则布等巴布尔因病去世后，其子胡马雍继承皇位。企图以察合台的突厥人、蒙古人、波斯人、阿富汗人和印度人组成的混合军队，征服全印度，以实现父亲的遗愿。其三位异母兄弟卡姆兰、欣达勒和阿斯卡里出兵攻击他，与他争夺王位。分散在各地的许多阿富汗贵族纷纷起兵反叛。黑羊元年，起兵谋反的东部阿富汗王公舍尔沙，在乔沙战役中胡马雍全军覆没，本人逃走。舍尔沙占领德里，建立了苏尔王朝。不但把领土扩展到孟加拉、比哈尔和马拉佤邦，而且在政治、社会和经济上多有建树。他实行开明政治，对印度教采取宽容政策;它建立了有效力的君主集权制，执法公正;他改革税制，计田优劣征收，发行银卢比;兴修道路，设立驿站，联系首都阿拉格与孟加拉、拉齐普坦等地的"大干道"至今仍是印度的主要干道之一。他的田赋改革是以后阿克巴改革的蓝本。阿克巴去世后，莫卧儿帝国先后由贾汉吉尔和沙贾汗统治。贾汗吉国王时期，锡克教第五代祖师阿尔琼把教区改为行政机构，向信徒征收赋税。这一举动在莫卧儿帝国内引起震动，它显然具有分庭抗礼的意味。阿尔琼还在阿姆利则建立金店，作为锡克教圣地和行政管理中心。锡克教圣典《阿底格兰特》也成书于这个时期。锡克教过去一直标榜为和平静修的团体，祖师只关心传教，从不干预政治。阿尔琼却
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卷入了莫卧儿皇室的纷争，庇护叛乱的王子，从而遭到贾汗吉国王的嫉恨，萨嬗年引来杀身之祸。以此为发端，锡克教和平发展时期结束。
萨嬗元年，沙贾汗击败并兼并了艾哈迈德讷格尔王国。然而，这次胜利却激起几股力量的反抗，这些力量将加速莫卧儿帝国的灭亡。沙贾汗重新占领坎大哈，但于萨嬗年再次失去了它。在一次徒劳无功的攻占撒马尔罕的尝试中，他损失了5,000人。他只在南方取得了胜利，在那里，他首先追击一位因被怀疑叛国而于黑羊初年逃到艾哈迈德讷格尔王国的将军。沙贾汗在布尔汉布尔指挥军事行动。
萨嬗元年，沙贾汗病重，他的四个儿子开始争夺皇位。沙贾汗宠爱他的长子达拉?什克，但他的第三子奥朗则布在诸王子中最有能力，他和达拉?什克特别仇视对方。沙贾汗恢复了健康，但那时他的儿子们之间的冲突已经到了没有回头路的地步，因此他无法阻止家族内部的战争。萨嬗初年，奥朗则布获胜，废黜了他的父亲。
莫卧儿王朝中期，莫卧儿帝国处在黄金时代。印度人本是杰出的建筑师，皇帝沙贾汗时期，印度建成了德里的红堡等许多著名建筑。在这众多的名胜古迹中，最著名的是沙贾汗为其死去的宠妃建造的礼物--阿格拉市的泰姬陵。
奥朗则布是莫卧儿帝国最重要但也最具争议的皇帝。他放弃了莫卧儿帝国初期尤其是阿克巴时代的宗教宽容政策，加强伊斯兰教的宗教地位，企图使印度完全伊斯兰化。奥朗则布恢复对非穆斯林征收人头税，将印度教徒逐出政府，并大举拆毁印度教庙宇与神像。这些短视的政策导致帝国境内的非穆斯林与政府的矛盾突然尖锐起来，并很快演变成武装斗争。坚持自己信仰的锡克教徒和拉其普特人成为莫卧儿帝国公开的敌人;奥朗则布虽然多次打败他们，却无法彻底消灭其反抗力量。最危险的国内敌人是新兴的马拉塔人国家，它后来发展出可与莫卧儿帝国匹敌的军事能力。
另一方面，由于奥朗则布力图消灭他的
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