建的太平天国南京小朝廷也为之彻底土崩瓦解，永远也不复往日盛况。
造成这一切的真正罪魁祸首当然是太平天国的天王万岁洪秀全本人，如果不是洪秀全的执意挑衅，无耻偷袭，吴超越也不会更改战略计划，被逼着先向反清盟友太平军下手。如果不是洪秀全的瞎指挥乱干涉，李秀成也绝对有希望带着太平军成编制的从容突围，太平军也不会面临今天的灭顶之灾。然而对太平天国而言，现在说什么都晚了，为了将来的江浙大战，也为了尽快结束为祸十余年的太平天国邪教之乱，吴超越和吴军上下已经绝不可能再手下留情了，尽最大努力把太平军消灭在南京战场，已经是吴超越和吴军将士的惟一正确选择了。
激战中，靠着一部分广西老兄弟的舍命冲杀，太平的另一名重将秦日纲还是侥幸冲过了冯三保的亲自率军阻击，满身血污的冲过了吴军阻击阵地。然而秦日纲却很快就发现噩梦还远远没有结束，正在源源不竭从其他战场赶来的吴军将士，已经在孝陵卫以北编织起了一张天罗地网，张弓设套等他去钻，秦日纲手里最后的几百人几乎没有任何可能冲得过孝陵卫，迫于无奈之下，秦日纲也只好是带着残兵败将逃向北面的紫金山山区，妄图利用山区的复杂地形掩护，摆脱吴军的追击阻杀。
很可惜，吴军骑兵重点防范的就是太平军大股败兵，还没等秦日纲带着几百败兵冲到明孝陵附近，吴军骑兵就已经追上了他，混战中一颗流弹正好击中秦日纲的后颈，当场结果了他的性命，余下的太平军败兵虽然也有不少人成功逃进了山林之中，却再也没有一个人能有秦日纲的威望和号召力能够服众，导致败兵在山林中迅速星散，再也无法翻起任何的风浪。
导致太平军突围计划彻底失败的另外几个罪魁祸首吉庆元和方海宗等人一直被困在南京城中，几次率军试图从其他的城门突围，都被守在城外的吴军击退，身边的军队也飞快的越来越少，最后方海宗被部下捆绑献给了吴军，袁得厚主动放下武器投降，陈得才和李容发倒是仍然还在带着军队和吴军打巷战，还有许多没能逃出城外的太平军顽固分子也加入了他们，但是已经没有了坚固的工事可守，弹药武器也没有了保证，太平军在巷战中的表现也就没了前几天那么神勇出色，被吴军彻底消灭就只是一个时间问题。
其中最值得一提的还是吉庆元，仔细分析了混战局势之后，吉庆元居然带着兵掉头向北，想从吴军之前炸出的神策门缺口处突围，结果守卫神策门的吴军胡怀昭所部还真被吉庆元杀了一个措手不及，又因为此前在神策门大战中实力消耗过度，被吉庆元杀得死伤消耗不***得吴超越只能是亲自率领中军营队上阵，费了不少的力气才挡住吉庆元的疯狂反扑，把吉庆元军重新赶回了南京城中。
在此期间，洪大教主如果能够做出决断，让蒙时雍率领的南京太平军保护自己发起突围的话，那么凭借蒙时雍军的体力优势和精良装备，杀出一条血路冲出南京其实把握很大，摆脱吴军追杀逃离南京战场也不能说是毫无希望。但还是很可惜，已经习惯了奢华生活的洪秀全已经说什么都不想再去吃二茬苦受二茬罪了，呆在前明宫城里说什么都不肯挪窝，替洪秀全掌军的蒙时雍既没有胆量魄力强行挟持洪秀全突围，也没有经验和目光能够看得到这个天赐良机，只是傻乎乎的带着近万南京太平军坚守宫城，眼睁睁的看着吴军歼灭城外太平军，还有彻底包围洪秀全藏身的宫城。
最后，还是在到了李秀成等人被俘的当天夜里，洪秀全才召来了蒙时雍和一些随驾文武，命令蒙时雍保护自己的另外三个儿子连夜突围，逃出南京另谋生计，然后洪秀全又颁布了自己生命中的最后一道圣旨，全文曰：
“大众安心，朕即上天堂，向天父天兄领到天兵，复下凡来诛杀妖兵，先诛超越小妖，再灭清妖朝廷，重兴天国
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