登州、莱州和青州发生巨大变化的同时，辽东也开始出现变化了，经过了几个月的准备，陈新甲觉得，自己已经准备的很是充足了，可以慢慢开始动了，所以说，他再次写出了密折，肯定皇上下旨，首先对辽东的官员进行适当的调整。
秋收季节，辽东也获得了丰收，十余年的时间，这是辽东第一次收获这么多的粮食，上下都是很高兴的，不过按照苏天成确定的政策，这些粮食，大部分都是属于老百姓自己所有的，上缴的部分不多，这令陈新甲有些不满意，他很清楚，军队离开了粮草，就难以维持，就算是军饷暂时不足，只要有粮食，一样可以暂时维持的，辽东的江宁营、榆林营和边军，已经不是传统意义上的明军了，悉数都是专业的军人，没有了军屯户，军队自身没有粮食来源，必须依靠军饷和赋税来养活，以前这些事情，都是督师府办理的，也就是徐尔一直接心的，包括边军和榆林营的开销，朝廷拨付的军饷，基本还是充足的。
陈新甲上任之初，向皇上争取到了一个政策，那就是维持边军的军饷，尽管说边军裁撤了十七万的军士，但军饷还是维系以前的水平，朱由检考虑到，陈新甲上任之后，肩负特殊的任务，所以也就答应了陈新甲的要求，要求户部不要削减辽东的军饷。
秋收过后，动的会成熟了。陈新甲想到的是从两个方面首先着，一是军队的粮饷。必须是巡抚衙门来掌握，一旦掌握了军队的粮饷，等同于控制了军队，二是从调整官吏着，调整之后，督师府虽然还存在，但形同虚设，辽东的大事情。都是巡抚衙门决定。
这是两个大的调整，关乎到辽东的全局，陈新甲还是有些谨慎的，经过几个月才决定动，这样把握xng就大了很大了。
陈新甲来到辽东之后，最大的收获，就是和秦三德搞好了关系。要知道在辽东，能够和皇上接触最多的，就是江宁营监军秦三德了，秦三德是代表皇上管辖江宁营、甚至是监视辽东的整个情况的，通过秦三德，皇上能够准确的掌握辽东的情况。同时秦三德是大太监王承恩身边的红人，与秦三德搞好了关系，就等同于和王承恩搞好了关系。
陈新甲很清楚，自己在辽东没有根基，唯一能够依靠的就是皇上。如此的情况下，与所有皇上身边的人搞好关系。就是重中之重了。
和秦三德接触的时间长了，陈新甲慢慢掌握了一些核心情况，辽东军队的组成是比较复杂的，有江宁营将士、边军和榆林营将士，其中江宁营的战斗力是最为厉害的，在辽东的地位也是最高的，榆林营和边军的地位差不多，榆林营的战斗力，暂时没有体现出来，加之人数不是很多，影响暂时不是很大。
陈新甲想要掌握辽东的军队，必须要采取一步一步来的措施，首先掌控边军，接着是榆林营，最后才是江宁营，所以说，巡抚衙门首先要控制边军和榆林营的军饷和粮草，江宁营的开销，还是由洪承畴和徐尔一负责，暂时不要去动。
这些都是陈新甲和秦三德多次的商谈之后，做出来的决定。
几个月的时间里面，看似无所事事的陈新甲，其实是做了不少事情的，最主要的就是了解黑山驻扎的后金鞑子的情况。
黑山城池曾经被苏天成毁掉了，不过后来驻扎在这里的后金鞑子，再次建起了城池，多次分析地图之后，陈新甲认为，黑山的位置非常关键，若是明军能够拿下黑山，后金依仗的城池就是宁远了，后金因为丢失了大凌河城，加强了对宁远的防守，往来的商贾带来的消息，宁远城池的加固基本完成了，其坚固的程度，不亚于锦州了。
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